sqs建模

  1. step 1
  2. step 2
  3. step 3
  4. step 4

step 1

准备输入文件rndstr.in

   1 1 1 90 90 90
   1 0 0
   0 1 0
   0 0 1
   0.0 0.0 0.0 Fe=0.25,Co=0.25,Ni=0.1875,Al=0.25,Mo=0.0625
   0.0 0.5 0.5 Fe=0.25,Co=0.25,Ni=0.1875,Al=0.25,Mo=0.0625
   0.5 0.0 0.5 Fe=0.25,Co=0.25,Ni=0.1875,Al=0.25,Mo=0.0625
   0.5 0.5 0.0 Fe=0.25,Co=0.25,Ni=0.1875,Al=0.25,Mo=0.0625

step 2

运行如下命令:

corrdump -l=rndstr.in -ro -noe -nop -clus -2=1.2

输出clusters.out,sym.out

step 3

依据扩胞方案,计算生成的超胞原子数,以32为例,运行:

mcsqs -n 32

运行几秒后,退出;在sqscell.out中设置扩胞方案

step 4

寻胞,运行mcsqs -rc,并行脚本如下:

  #!/bin/bash
  #SBATCH -n 48
  #SBATCH -N 1
  #SBATCH --mail-type=ALL
  #SBATCH --nodelist=master
  #SBATCH [email protected]
  # 打印任务信息
  echo "Starting job $SLURM_JOB_ID at " `date`
  echo "SLURM_SUBMIT_DIR is $SLURM_SUBMIT_DIR"
  echo "Running on nodes: $SLURM_NODELIST"
  
  # 执行任务
  ## 载入vasp
  module load VASP
  mpirun mcsqs -rc > LOG 2> err
  
  # 任务结束
  echo "Job $SLURM_JOB_ID done at " `date`

更多资料见:https://www.bilibili.com/video/BV15t4y1L7uL/


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