在Qiang Li代码基础上稍作修改，可以用于频率计算消虚频。
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Qiang Li
Command: python3 vib_correct.py
This is a temporary script file.
"""
import numpy as np
import os
#获取虚频开始行
l_position = 0 #虚频振动方向部分在OUTCAR中的起始行数
with open('OUTCAR') as f_in:
lines = f_in.readlines()
wave_num = 0.0
for num, line in enumerate(lines):
if 'f/i' in line:
wave_tem = float(line.rstrip().split()[6])
if wave_tem > wave_num: #获取最大的虚频
wave_num = wave_tem
l_position = num+2
# 读POSCAR
with open('POSCAR') as f_pos:
lines_pos = f_pos.readlines()
# 获取虚频对应的OUTCAR部分
num_atoms = sum([int(i) for i in lines_pos[6].rstrip().split()])
vib_lines = lines[l_position:l_position + num_atoms] #振动部分 7222到7248行
model_positions = []
vib_dis = []
for line in vib_lines:
position = [float(i) for i in line.rstrip().split()[:3]]
vib_infor = [float(i) for i in line.rstrip().split()[3:]] # dx， dy， dz对应的那三列
model_positions.append(position)
vib_dis.append(vib_infor)
# 微调结构
model_positions = np.array(model_positions)
vib_dis = np.array(vib_dis) #将振动部分写到一个array中。
new_positions = model_positions + vib_dis * 0.4 # 0.4是微调的校正因子，即虚频对应振动位移的0.4，具体多大自己根据经验调。
###保存结构
f_out = open('POSCAR_new','w')
f_out.writelines(lines_pos[:8])
f_out.write('Cartesian\n')
for i in new_positions:
f_out.write(' '.join([str(coord) for coord in i]) + ' \n')
f_out.close()
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